蒙哥听说他带著家属亲信随从，反而开始怀疑他另有所图了。忽必烈只能再遣使说明。
最后，蒙哥汗命令忽必烈留下所有家眷随从，只身来觐见。结果，连打算当人质的亲属都没带，自己一个人跑过去了。
按元朝史料记录，蒙哥见忽必烈听话，真的只身前来，又转怒为喜。朝会之后，蒙哥汗态度突然开始缓和，两次亲自为忽必烈斟酒。忽必烈也很恭敬，行君臣之礼。于是兄弟二人逐渐和好。史书甚至说「又酌之三至，帝泫然，上亦泣下，竟不令有所白而止。」说这俩人莫名其妙就哭起来了————然后，这件事也就到此为止，不再追究忽必烈了。
然而史书说著好听，把整个事情写成了兄弟俩破除小人谗言，重归于好的感人故事。
但现实是，蒙哥表现得很感动，但下手一点也没留情。忽必烈设置的经略司、宣抚司、行部等机构，被撤销之后，就没了后文，再也没有恢复过。总领漠南的军事权也被剥夺，之后也不说还给他了。
忽必烈有足疾，之前远征大理的时候，因为路途遥远疲劳，在强行军的时候病发，甚至不能骑马，是随从郑鼎等人，背著他才走完全程的。蒙哥便以此为由，把忽必烈扣在和林，让他在这边养病。于是，好不容易风光了一阵子的忽必烈，又开始无所事事起来，似乎距离偶像更加遥远了。
朱文奎觉得，这想想也不奇怪。毕竟天天说要学唐太宗的话，似乎对大哥和弟弟，不太吉利啊。不过脱欢觉得，应该不是这个原因。因为蒙古人当时的文化水平，恐怕不见得能搞得懂这些。而且要是搞懂了，恐怕也不止会是这种处理了————
后来，蒙哥发动三路大军南下，试图彻底征服南宋。西路由蒙哥亲征，攻四川，东路由宗王塔察儿率领，攻荆山。南路兀良合台从云南出发，攻广西，然后北上长沙。但战争一开始就不顺利，兀良合台尝试攻击柳州与桂林，都以失败告终，只能派游骑四处骚扰。
东路塔察儿也被宋军击败，一直过不了淮河。蒙哥迫于无奈，只能再次请忽必烈出山，这才恢复了他的军权。
忽必烈带领手下，来到前线之后，给东路军提供了不少助力。在他的部将董文炳、张柔等人的努力下，蒙古水军大败南宋水军，突破长江防线。然而这时，有消息传来，说蒙哥死了。
忽必烈一开始还不信。而且，因为之前和蒙哥的种种矛盾，他也生怕这是谣言，反而