洪武二年夏秋，开平、应昌尽数陷落，元顺帝妥懽帖睦尔丢弃行宫、宗室、粮草辎重，仅带数百怯薛亲卫漂泊克鲁伦河荒原；嫡孙买的里八剌被俘押送南京，受封崇礼侯；太子爱猷识理达腊盘踞冀宁，以厚利拉拢漠北诸藩，与流亡的顺帝父子对立；斡亦剌、乃蛮、克烈各部拥兵自雄，或私通大明互市，或互相攻伐吞并草场，黄金家族汗威扫地。大明则以开平、应昌为北疆军镇，屯田戍边，徐达、李文忠整饬兵马，预备来年再度北伐。漠北苦寒之地，顺帝颠沛流离，终日忧愤郁结，一场席卷荒原的大疫，终将压垮这位失国君主。
一、克鲁伦荒原疫气蔓延，顺帝颠沛染重病
洪武三年初春，漠北罕见大寒，连月暴雪覆盖克鲁伦河两岸草场，牛羊冻毙十之六七，牧民无粮、汗廷