至正八年冬，方国珍于浙东黄岩举兵杀官、割据海岛，阻断江南漕运海路，生擒江浙平章多尔济巴勒，元廷数次水师征剿尽数惨败，只能被迫下诏招安。大都朝堂自此撕裂为两大派系，别儿怯不花为首的旧勋贵集团主张倾尽国库重兵清剿沿海乱贼；右丞相脱脱力主轻徭安抚、减免东南盐税以收拢民心。奈何卜答失里太后暗中不断向顺帝进谗，刻意离间君臣，至正新政原本融洽的朝堂格局裂痕日渐扩大。
此后三年，天灾连绵不绝：至正九年、十年，黄河下游年年溃堤，黄泛区积水经年不退，瘟疫顺着水势扩散中原数省；湖广、江西、山东久旱大饥，上百万流民四散流亡于道路；方国珍海上势力逐年扩张，劫掠南北商船，朝廷失去江南半数财税来源。国库积蓄消耗殆尽，边军