权尽失的局面，终于彻底崩溃，泪水混着脸上脂粉滑落，放声痛哭，哭声凄厉，在空旷的暖阁中回荡，满是悔恨、不甘与绝望，却再无半分反抗之力。贵由看着生母这般模样，心中五味杂陈，念及骨肉亲情，又念及她乱政之过，终究不忍痛下杀手，依照蒙古宗室礼法，沉声吩咐左右亲卫：“将母后送至后宫静室，严加看管，无本王与诸王旨意，不得外出，不得接触朝臣，闭门思过，反省违背先皇遗命、乱政误国之过。念及太宗父皇骨肉亲缘，留其性命，以全孝道，以稳宗室人心。”
亲卫领命，上前搀扶失魂落魄的乃马真，缓缓退出万安暖阁。这位执掌蒙古汗国摄政大权数年、威压诸王百官的昭慈皇后，自此彻底退出权力舞台，结束摄政生涯，终究为自己违背遗命、宠信奸佞的行为，付出了惨痛代价。
处置完乃马真与奥都剌合蛮两大乱政元凶，贵由即刻着手整顿朝政，安抚人心，他先是传下严令，命亲军肃清皇城残余奸佞党羽，严禁士卒劫掠百姓、惊扰民生，封存国库钱粮，清点府库物资，安抚城中官民与牧民，恢复街巷市面秩序；随后亲自带人，前往耶律楚材、镇海私宅，亲自解除禁锢，躬身致歉，恭请两位老臣入宫，辅佐朝政。
耶律楚材身为中书令，历经太祖、太宗两朝，深谙蒙古礼法与中原治国之道，是汗国不可或缺的柱石之臣；镇海亦是太宗朝重臣，忠心耿耿，辅佐朝政多年。二人被乃马真禁足多日，始终心系汗国社稷，暗中坚守正道，不肯依附奸佞。听闻贵由清奸除乱、拨乱反正，二人喜极而泣，即刻整理朝服，随贵由入宫。见到贵由与拔都，两位老臣躬身行君臣大礼，语气感慨万千：“王爷顺应民心，清剿奸佞，匡扶朝政，实乃蒙古汗国之幸，太宗先帝之幸，万民之幸！老臣等身陷囹圄，险些死于奸人之手，若非王爷主持公道，汗国基业恐将毁于一旦！”
贵由连忙上前，亲手扶起二位老臣，语气恳切，满怀敬重：“二位大人乃是先皇钦定重臣，忠心报国，却遭奸人陷害，受此委屈，皆是因母后乱政、朝政失序所致，本王心中愧疚万分。如今奸佞已除，朝政待兴，还望二位大人不计前嫌，辅佐本王，重拾先皇旧制，整顿朝纲，安定漠北，守护黄金家族基业。”
拔都亦在旁颔首，语气诚恳：“耶律大人、镇海大人，两朝忠臣，国之柱石，如今汗国百废待兴，诸王离心，还需二位