开垦荒地，庇地周边很快成为商朝的“粮食主产区”，手工业与商业也随之兴盛，都城人口大幅增长，呈现出“中兴”的繁荣景象。
在解决都城水患、稳定内部统治的同时，祖乙也将精力集中在“消除外部威胁”上——东南方的夷族部落（以蓝夷、班方为代表），自仲丁时期起就频繁袭扰商朝边境，虽经河亶甲的征讨有所收敛，但祖乙统治初期，这些部落趁商朝多次迁都、内部调整之机，再次活跃起来，不仅掠夺边境的粮食与奴隶，还袭击商朝的边防据点，甚至与部分不满商朝统治的小诸侯勾结，对商朝的东南边境构成严重威胁。
祖乙九年（公元前1308年），蓝夷部落率先发动大规模进攻，攻占了商朝东部的重要据点“盂”（今河南商丘东北），杀死据点守将，掠夺了大量粮食与物资。消息传到庇都后，祖乙意识到“若不彻底平定夷族，边境永无宁日”，于是决定亲自统筹军事行动，征伐蓝夷、班方等部落。
为确保征伐胜利，祖乙进行了周密的军事筹备：首先，联络大彭国国君彭伯——大彭国是商朝东部最强大的诸侯，且与商朝素有盟友关系，彭伯接到祖乙的求援后，迅速派遣三万精锐军队，与商朝军队组成联军；其次，优化军队装备——下令青铜作坊紧急铸造一批新型青铜戈、矛与箭头，同时为士兵配备更坚固的皮甲，提升军队的攻防能力；最后，制定战术策略——针对蓝夷、班方“擅长游击战、机动性强但缺乏攻坚战经验”的特点，祖乙采取“稳扎稳打、围点打援”的战术，先收复被攻占的据点，再逐步推进，压缩夷族部落的活动空间。
祖乙十年（公元前1307年）春，商彭联军正式出兵征讨蓝夷。联军首先对被蓝夷占领的盂地发起进攻，蓝夷军队虽顽强抵抗，但面对装备精良、配合默契的商彭联军，很快陷入被动。经过三日激战，联军收复盂地，解救了被俘虏的商朝平民。随后，联军继续向东推进，直指蓝夷的核心部落驻地。蓝夷首领见联军势不可挡，试图率领部落向西逃窜，却被早已埋伏在西侧的商朝军队拦截。双方在今山东泰安一带展开决战，商彭联军凭借战车优势与步兵方阵，彻底击溃蓝夷军队，俘虏了蓝夷首领，残余的蓝夷族人被迫投降，承诺永远臣服商朝，不再袭扰边境。
平定蓝夷后，祖乙将军事重点转向班方。班方位于今山东聊城一带，与蓝夷素有勾结，在蓝夷被征讨