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为了查清楚MEGA进化暴动的原因，冠军小智来到了许久未回到的密阿雷市，结果发现密阿雷市已经完全变了个样。
在密阿雷市里面举办了一个叫做ZA登峰战的比赛，只要能达到最高的A级，不仅能得到密阿雷最强训练家的称号，还能得到主办方无条件的帮你达成一个条件的奖励，就算想要成为密阿雷市的统治者都行。
冠军小智敏锐的察觉到其中不对劲的地方，于是隐藏了自己的姓名和样貌参加了ZA登峰赛，最后也是没什么意外的，他成为了登峰赛中最强的训练家，并见到了这个比赛的主办方。
在主办方阔星集团的董事长面前，冠军小智显露出了自己真实的样貌，并询问了对方，密阿雷市的登峰赛以及那些暴走的超进化精灵到底是怎么一回事。
最后，他从一个叫做AZ的人那得知了事情的真相，原来是之前弗拉达利的首领启动了最终兵器，导致在棱镜塔内的守护装置昂主出现了异常。
一开始情况尚且还在可控范围，但最近密阿雷市中的不少精灵已经开始受到影响了，有许多狂暴的精灵甚至会去主动攻击人类，还有一些精灵深山不知道为什么携带著MEGA进化石，受到昂主能量的照射，导致精灵不需要训练家就能进行MEGA进化。
只不过这种MEGA进化会让精灵理智全失，能量暴走不可控。
整个密阿雷市乱成了一锅粥。
最终AZ和阔星公司想出了一个计划，那就是决出一名最强训练家，由那名训练家去棱镜塔内阻止昂主。
而想要阻止昂主，就需要AZ身边的一只精灵，存活了三千年的远古花叶蒂。
只有实力强劲的训练家，才能操控远古花叶蒂，让其进行MEGA进化，从而阻止昂主。
这份责任最终也是落在了冠军小智的头上，他也不负众望的搞定了棱镜塔的事情。
但却不是依靠花叶蒂，而是靠著甲贺忍蛙和基格尔德的力量。
【进阶者小智：甲贺忍蛙是卡洛斯地区的精灵吧？基格尔德是守护世界生态的守护神，这两只精灵能够产生配合吗？】
由于冠军小智只是粗略的讲了个大概，小智也不清楚具体细节，只是在听到甲贺忍蛙和基格尔德配合的时候感觉十分怪异。
这就好像你说让大嘴雀和凤王配合去解决世界危机一样，太怪了吧！
【冠军小智：我的这个甲贺忍蛙有点不一样，不仅仅是我，所有的小智」都是如此，包括你新