-回城”分治格局。提督多由湘军、甘军系统汉人将领担任，此时在任提督为董福祥旧部张俊。
新疆驻军以“勇营”为主，此时主要是董福祥的甘军改编的“定远军”，辅以少量八旗残余和绿营旧制。喀什噶尔提督辖区（含周边四城）总驻军约2000-3000人，其中喀什新城核心驻军约800-1000人。相较俄属中亚驻军，如奥伦堡军团数万人，规模明显不足。喀什驻军分为装备较新式枪械的主力部队，负责要地防务的常备军；分散驻扎于边境卡伦（哨所）和交通要道，多持旧式武器的巡防营和半农半兵；战时征调，战斗力低下的屯田兵。其中骑兵约200-300人用于边境巡逻，马匹多为本地矮种马；步兵作为主力部队，装备步枪者约半数；炮兵属于象征性存在，仅有数门老旧前膛炮（如“劈山炮”），无近代火炮。
装备的枪械混杂，有少量通过天津、汉口洋行购入的进口步枪如德制毛瑟步枪（aer 1871）、英制马蒂尼-亨利步枪，但弹药供应不稳定。国产火器如江南制造局仿制的“林明登边针枪”（regton rollg block）及土造抬枪（两人操作的重型火绳枪）占装备多数。至于大刀、长矛等冷兵器仍广泛配备，尤其屯田兵和巡防营。
而且弹药库存储备不足，士兵实弹训练极少，士兵射击精度低下。英国探险家斯坦因曾记录：“清军士兵放枪时闭眼扭头，枪响后尘土飞扬，却无人中弹”。缺乏维修能力，损坏枪械常被弃用。俄国领事报告称喀什清军“步枪型号杂乱如古董店，半数士兵不知瞄准具用法”。训练上沿用湘军旧制，注重阵法操演（如“方圆阵”），但缺乏近代战术训练。火器使用训练极少。骑兵仍练习传统骑射，对抗俄军哥萨克骑兵无优势。军官腐败普遍，克扣粮饷导致士兵兼职小贩、农民以维生。1895年“河湟事变”后，部分甘军调入新疆，其战斗力稍强，但长期驻防后逐渐懈怠。
喀什新城（疏勒）建有夯土城墙、壕沟及四门炮台，但防御体系停留在冷兵器时代，难以抵御近代火炮。沿帕米尔高原设有多处卡伦（如伊尔克什塘），但驻军仅十余人，装备简陋，对俄军渗透几无威慑。对比之下，俄属中亚驻军已全面换装伯丹步枪（berdan）、马克沁机枪，并在阿拉木图