1982 年 3 月，在东京铁塔地基发现古代齿轮装置，其运转频率与地轴倾斜角度存在神秘关联”
“零号，东京的‘时间心脏’，可能在铁塔里！” 她大喊着调转船头，却发现潜艇发射的追踪导弹已近在咫尺。千钧一发之际，零号的意识化作银色屏障，将导弹引向海面，爆炸的火光映红了他逐渐透明的身影。
“别管我！” 零号的声音带着痛楚，“快去找到晶体！三叶草组织想用地轴能量校准时间” 数据光点开始溃散，“记住，每块晶体都藏着陈默的一段记忆，只有集齐它们” 他的声音戛然而止，最后一丝意识钻进林小羽的钢笔。
张晨在火山祭坛前停下脚步，拍立得拍下祭坛底座的星图 —— 那正是十二座城市在夜空中的投影。他的目光落在祭坛边缘的凹槽，形状与记忆晶体完全吻合。当他试图触碰黑色装置时，机械表碎片突然在口袋里震动，陈默的声音若隐若现：“小心 这是陷阱”
东京铁塔下，林小羽混在游客中冲进电梯。她的目光扫过墙壁上的装饰齿轮，钢笔尖在笔记本上飞速记录：“第 17 层通风口，齿轮转动频率异常。” 当她撬开通风管道，发现里面藏着一个密封舱，舱内悬浮的金色晶体，正与她怀中的机械表碎片共鸣。
就在她伸手触碰晶体的瞬间，电梯突然停止运行。克隆体的身影出现在监控屏幕上，他转动着机械表，铁塔开始剧烈摇晃：“聪明的女孩，但你以为这就能阻止我们？” 他的声音混着齿轮转动声，“告诉你个秘密，这些晶体不仅是记忆载体，更是” 画面突然中断，铁塔的电力系统全部瘫痪。
林小羽在黑暗中握紧晶体，感觉有段记忆顺着指尖涌入脑海。那是七岁的陈默，在东京铁塔顶端，母亲指着夜空教他辨认星座，齿轮形状的星云在母子头顶闪烁。“时间的齿轮，会在星辰指引下找到方向。” 陈玉华的声音带着笑意，而此刻，晶体表面浮现出与记忆中相同的星云图案。
铁塔外传来直升机的轰鸣，三叶草组织的标志在探照灯中格外醒目。林小羽将晶体贴身藏好，顺着维修梯向下攀爬。她望着远处海面的潜艇，突然意识到一个可怕的事实 —— 三叶草组织故意让她找到晶体，因为每集齐一块，都在为他们的 “星轨收割” 计划