有许多是已经灭绝的物种，如剑齿虎、肿骨鹿、披毛犀等。这些动物化石的存在，为我们研究远古时期的生态系统、生物多样性以及气候变化提供了重要线索。通过对这些动物化石的分析，我们可以了解到当时周口店地区的植被类型、气候条件以及“北京人”与其他动物之间的关系。
周口店遗址分遗址区和博物馆两部分，常年向观众开放。
遗址区主要包括以下几个重要地点：
猿人洞：即北京猿人遗址，从大约五、六十万年起，北京猿人在这里断断续续地生活到约二十万年前。这个遗址发现于 1921 年，1927 年开始系统发掘，共发现了近 200 件人类化石（代表 40 个猿人个体），上万件石器、数层灰烬层和近 200 种动物化石。这是迄今世界同时代遗址中材料最丰富、最全面、最具代表性的猿人遗址，在科学研究和人类远古文化史上占有重要地位。
鸽子堂：在此发现了猿人的锁骨、顶骨、下颌骨等化石及许多用石英和绿色砂岩所制的粗糙石器；共有 4 个文化层，其中含有猿人用火的遗迹，包括大片灰烬层，特别重要的是还有一段紫荆木炭。
山顶洞人遗址：这是距今 2 万年到 1 万年前山顶洞人生活过的洞穴。在此发现包括 3 个头骨在内的代表至少 8 个个体的人化石材料及大量动物化石。山顶洞人的文化遗物有碳屑、石器、骨器（包括骨针）和用穿孔石子、兽牙、贝壳等做成的装饰品；在人骨化石周围还发现有赤铁矿粉末，是山顶洞人对死者实行埋葬的证据。
田园洞：即周口店北京人遗址第 27 地点，2003 年中国科学院古脊椎动物与古人类研究所对这里进行了挖掘，出土了 26 种哺乳动物化石，还发掘出更为珍贵的，处于破碎状态的人类遗骸。中科院院士吴新智等专家鉴定认为，该人类化石属于晚期智人，参照年代为距今 25 万年左右，田园洞的重大发现弥补了山顶洞人化石丢失的缺憾。
周口店遗址博物馆包含七个展厅，藏有大量珍贵的文化遗物、动物化石、石器，以图文并茂的展示形式向观众诠释了周口店遗址的历史价值和文化内涵。馆内还有三维动画、模拟发掘、动手制作、磨制骨针、模型装架等特色科普互动项