新生的「共生枢纽」散发出柔和的光芒，照亮了周边星域中忙碌重建的文明舰队。然而，这份难得的和平却被刺耳的警报声打破。苏晚的十七个虚影同时闪烁红光，量子核心的运算速度飙升至极限：“检测到异常能量波动！在人马座旋臂的暗物质裂隙中，发现大规模非法能量聚集！” 全息星图上，一片扭曲的黑色区域正在贪婪地吞噬周围的宇宙尘埃，那里正是宇宙海盗的巢穴所在。
林小棠的基因锁泛起警惕的蓝光，「文明之瞳」启动后，她看到巢穴内部堆积如山的掠夺物资：机械教廷的精密零件、骸骨帝国的灵魂结晶，甚至还有虫族的珍贵基因样本。更令人愤怒的是，海盗们正在用这些资源改造战舰，炮管上缠绕着邪恶的能量纹路，“这些海盗在趁火打劫！他们的存在已经严重威胁到共生体系的重建！” 她握紧腰间的基因匕首，眼中燃起怒火。
铁幕皇帝的黄金战甲重新启动，纳米机器人迅速修补着残存的裂痕：“根据机械教廷的情报网，这群海盗的头目自称「暗星掠夺者」，他们擅长利用暗物质进行突袭，行踪诡秘。” 他调出海盗的袭击记录，画面中，无辜的文明舰队在海盗的炮火下支离破碎，“如果放任不管，他们会像蛀虫一样，啃食掉宇宙复苏的希望。”
阿熊用力拍打甲板，震得荧光草都抖落了不少叶片：“俺早就看这些家伙不顺眼！抢东西、害无辜生命，俺这就去把他们的老窝砸个稀巴烂！” 它的野性共鸣在舰桥内掀起一阵狂风，吹得战术地图哗哗作响。苏晚却冷静地分析道：“巢穴外围布置了暗物质折射屏障，常规攻击会被反弹。而且根据能量波动计算，他们至少囤积了足以毁灭三个星系的武器。”
经过紧急商议，联合舰队制定了突袭计划。林小棠带领基因改造战士组成先锋小队，利用基因锁的特殊感应能力，寻找屏障的薄弱点；苏晚则将自己的数据意识注入舰队的量子网络，破解海盗的防御系统；铁幕皇帝指挥机械战舰构建引力陷阱，阿熊和他的原始文明勇士负责吸引海盗主力。
当联合舰队接近巢穴时，海盗的警报系统立刻启动。漆黑的海盗战舰如蜂群般涌出，船头装饰着狰狞的骷髅标志，炮口喷射出暗紫色的能量流。“启动「共生迷彩」！” 林小棠一声令下，基因战士们的战甲与周围