共生之城的警报声响彻天际时，陆辰正在机械丛林调试新一代共生机甲。「希望」突然发出尖锐的啼鸣，机械骨翼拍打出绿色的能量涟漪，将他手中的扳手震落在地。扳手砸在机甲残骸上，发出空洞的回响，仿佛预示着某种核心的崩塌。全息通讯器里传来老 k 的尖叫，声音里带着电子元件过载的杂音：「生命之树的能量波动异常！根系正在不受控制地吸收虚数能量，树干出现黑色纹路，那是 虚数污染的侵蚀痕迹！」
林小棠的基因共鸣率先感知到异常 —— 她正在克隆体学院授课，掌心的荧光种子突然枯萎，花瓣蜷缩成灰黑色。当她冲向城市中心时，眼前的景象让她血液凝固：曾经翠绿的生命之树，此刻树皮开裂，渗出黑色的虚数黏液，宛如流脓的伤口；树冠的空中花园正在坠落，反重力藤蔓失去光泽，变成缠绕的死藤，悬挂着的生态舱如断线的风筝，里面的史前植物在虚数雾气中迅速凋零。苏晚的声音从应急频道传来，带着植物被灼烧的焦糊味：「树根突破了长城防线，正在吞噬废土的骸骨和机甲！这不是净化，是…… 是寄生！根系在把共生能量转化为吞噬的动力！」
陆辰跃上「希望」的背，共生契约能量在体表凝聚成铠甲，金色纹路与机械骨翼的荧光绿交织，形成流动的防护屏障。他看见生命之树的根系如黑色巨蟒般穿透钢铁长城，所到之处，荧光草枯死，机械丛林的机甲被根系刺穿，齿轮花的光芒被吞噬殆尽，只剩下机械零件的残骸在黑雾中锈蚀。系统提示音带着刺耳的杂音，红色警告铺满视网膜：「文明值 - 500（世界树失控）」「检测到圣物能量暴走」「解锁紧急任务：「根源净化」」「警告：共生之城核心能量失衡，倒计时开始」。
「是虚数之匣的影响！」林小棠在根系裂缝中发现了异常 —— 树根内部缠绕着虚数碎片，每一片都刻着骸骨教团的诅咒符文，符文缝隙间还夹杂着机械教廷的病毒代码，「有人在树根里植入了污染核心！」她想起三天前收到的「共生信徒」送来的「祝福之种」，种子表面的荧光苔藓下，藏着几乎看不见的骨系咒文，此刻正以种子为中心，形成黑色的能量漩涡，如同一颗正在扩张的恶性肿瘤。
苏晚启动地下根系网络的净化程序，却发现控制权已被篡改，全息屏幕上跳动