南宋临安城，本是繁华热闹之地，可最近却怪事频出。先是街头巷尾莫名多了许多病恹恹的人，接着城中开始流行起一种怪病，得病的人浑身发热、咳嗽不止，没过几日便卧床不起，严重的甚至丢了性命。一时间，人心惶惶，大街小巷冷冷清清，百姓们都不敢出门。
灵隐寺的济公和尚听闻此事后，心中忧虑。他虽整日疯疯癫癫，却有着一颗悲天悯人的心，当下便决定下山查个究竟。
济公摇着破扇，在城中四处游走，发现患病之人皆面色发黑，身上隐隐散发着一股腐臭之气。他掐指一算，心中暗道不好，原来是城中来了瘟神作祟。这瘟神本是天庭的罪神，因犯错被贬下凡，心中怀恨，便想用瘟疫来报复人间。
济公知道，要除掉这瘟神，不能硬来，得想个巧妙的法子。他来到城中的一座破庙，这里原本香火鼎盛，如今因瘟疫肆虐，早已无人问津。济公在庙中坐下，闭目沉思，突然眼睛一亮，想到了一个办法。
他摇身一变，化作一个仙风道骨的老道，手持拂尘，在城中大声叫卖：“祖传灵药，专治瘟疫，一包见效，两包根除！”百姓们起初并不相信，可看到济公所变的老道一副道貌岸然的样子，又听他说得如此神奇，再加上病急乱投医，便纷纷围了过来。
济公所卖的“灵药”，其实是他用寺庙后山的草药和井水随意配制的，看起来黑乎乎的一包，还散发着一股刺鼻的气味。他故意将价格抬得很高，可百姓们为了保命，还是争相购买。
瘟神在暗中看到这一切，心中暗自得意。他以为济公不过是个江湖骗子，用这些假药来骗百姓的钱财，根本治不好瘟疫。他决定等百姓们对济公彻底失望后，再加大瘟疫的传播力度，让整个临安城变成一座死城。
然而，过了几日，奇怪的事情发生了。那些服用了济公“灵药”的百姓，病情竟然真的有所好转，原本发热咳嗽的症状减轻了许多，身体也逐渐恢复了力气。消息一传开，百姓们对济公所变的老道更加信任，纷纷前来购买“灵药”。
瘟神得知此事后，又惊又怒。他不明白为什么自己的瘟疫会被这些假药克制，决定亲自去会会济公。
这一日，济公正在破庙中给百姓们分发“灵药”，瘟神化作一个黑袍男子，气势汹