商朝建立后，伊尹并没有居功自傲，而是继续辅佐商汤治理国家。他制定了一系列的政治制度和法律法规，规范了国家的管理秩序。他重视农业生产，鼓励百姓开垦荒地，兴修水利，提高了粮食产量，保障了国家的经济稳定。他还注重文化教育，推广礼仪制度，促进了社会的文明进步。在伊尹的辅佐下，商朝在建立之初便呈现出繁荣昌盛的景象。
商汤去世后，王位传承经历了一些波折。太丁早逝，外丙、仲壬先后继位，但在位时间都不长。在这期间，伊尹始终坚守自己的职责，辅佐外丙、仲壬治理国家。他凭借着自己的威望和经验，稳定了朝廷的局势，确保了商朝的平稳过渡。
太甲继位后，伊尹对他寄予了厚望。他一连写了《肆命》《祖后》等几篇文章，教导太甲要遵照祖先的法制，努力做一位明君。《肆命》专门讲如何分清是非的道理，《祖后》则讲商汤时候的法律制度，希望太甲能够以史为鉴，治理好国家。然而，太甲即位初期，逐渐变得昏庸暴虐，破坏了商汤制定的法规，导致朝政混乱，百姓怨声载道。
面对太甲的昏庸统治，伊尹并没有坐视不管。他多次对太甲进行规劝，希望他能够改过自新。但太甲不听劝告，依然我行我素。无奈之下，伊尹做出了一个艰难的决定——将太甲放逐到桐宫，让他自己反省。在太甲被放逐期间，伊尹自己摄政当国，处理国家的政务。他努力稳定朝廷的局势，安抚百姓的情绪，采取了一系列措施来恢复国家的经济和社会秩序。
三年后，伊尹见太甲在桐宫悔过自新，便亲自率领文武大臣将太甲迎回都城亳，并郑重地把政权交还给他。太甲复位后，在伊尹的辅佐下，修德爱民，励精图治，使商朝再度兴盛起来。
伊尹的治国理念和政治主张主要体现在他对德政的推崇和对法制的重视上。他认为君主应该以仁德之心对待百姓，关心百姓的疾苦，让百姓安居乐业。同时，他也强调法制的重要性，认为国家应该有一套完善的法律法规，以规范人们的行为，维护社会的秩序。
伊尹在商朝的辅政生涯长达数十年，他辅佐了多位君主，为商朝的建立、稳定和发展做出了巨大的贡献。他的政治才能和治国理念，不仅对商朝的发展产生了深远的影响，也为后世提供了宝贵的借鉴。