藤井先生让仆人把别墅的门窗都关好，然后打电话报警。
警方很快赶到了别墅，对案件展开了调查。经过询问，他们发现死者是藤井先生的生意伙伴，名叫山本。最近山本和藤井先生在一项业务上存在一些分歧，有过一些争吵。
“难道是藤井先生为了除掉山本，故意放出蜈蚣来杀人？”毛利小五郎猜测道。
但是，藤井先生坚决否认，他说自己根本不知道这件事情，而且他也没有理由要杀山本。
柯南在别墅里四处查看，希望能找到一些线索。他发现别墅的地下室有一个房间，门是锁着的。
“这个房间为什么要锁着？”柯南问藤井先生。
藤井先生犹豫了一下，说：“这……这是我用来存放一些杂物的房间，没什么特别的。”
柯南觉得藤井先生的回答很可疑，于是他用自己的方法打开了门锁，进入了房间。房间里弥漫着一股刺鼻的气味，地上有一些奇怪的瓶子和工具。
“这些东西好像是用来饲养蜈蚣的。”柯南心想。
就在这时，他听到了身后有脚步声。柯南回头一看，发现是藤井先生。
“你……你怎么进来了？”藤井先生显得很紧张。
“藤井先生，你为什么要隐瞒这个房间的事情？这些东西是不是和蜈蚣有关？”柯南质问道。
藤井先生见事情败露，只好说出了真相。原来，他最近在研究一种新型的药物，需要用到蜈蚣的毒液。他在地下室饲养了一些蜈蚣，但是没想到其中一只逃跑了，还发生了这样的悲剧。
“我真的不是故意要杀人的，我只是想做我的研究。”藤井先生懊悔地说。
柯南叹了口气，说：“你的行为太危险了，不仅害了别人，也可能会给自己带来麻烦。”
最终，藤井先生被警方带走了，案件也真相大白。
“柯南，你真厉害，又解决了一个案件。”小兰笑着说。
“哈哈，只是运气好而已啦。”柯南挠挠头说。
而在这个雨夜，米花町的这场危机也终于结束了，大家都希望这样的恐怖事件不要再发生。