熵巢爆炸的余波尚未平息，星穹医盟的监测网络已被海量的孢子信号淹没。星孩的手指在全息键盘上疯狂跳动，银发间闪烁着电流火花：“孢子已扩散至本星系群70区域！它们在恒星内部构建‘熵核’，按照《伤寒论》的病理逻辑重组天体结构！”林婉的烧火棍突然发出蜂鸣，棍身浮现出古老的甲骨文，拼凑成“上古疫劫”四个大字，她的盲眼泛起幽蓝微光：“这些孢子的根源或许能在中医文明的起源处找到。”
秦逸的基因共鸣能力在孢子浪潮中剧烈震荡，他的意识不受控地回溯时空。在混沌的记忆碎片里，他看到上古时期，一群被称为“巫医”的神秘人用九针与某种不可名状的黑暗力量战斗。“九针是对抗古神的关键！”少年猛然睁眼，皮肤表面浮现出与遗迹图腾相似的纹路，“我们必须重返针灸遗迹，激活九针的真正力量！”
当本草星舰抵达空间夹层的遗迹时，却发现这里已被紫色瘴气笼罩。遗迹表面的针灸图腾正在逆向旋转，释放出能腐蚀灵魂的“病纹射线”。秦青鸾驾驶时空针灸舟尝试突破，舰体表面的铜人图腾突然流泪，泪水落地后化作吞噬能量的“饕餮虫”。“这些虫子的消化系统是按照《本草纲目》的相克原理构建的！”她紧急拉升飞船，“它们能吞噬任何攻击！”
林婉将烧火棍插入星舰经络核心，引导两艘星舰组成“阴阳化毒阵”。当归舰释放的补血光网化作赤色莲花，大黄舰的攻毒射线凝成金色莲叶，试图净化瘴气。但孢子仿佛拥有智慧，竟按照《黄帝内经》的“五行生克”原理，指挥瘴气变换形态。当光网触及瘴气时，后者立即转为“水”属性，将能量引入虚无；射线袭来时，又化作“金”属性，反弹攻击。
关键时刻，秦逸的基因共鸣与遗迹产生更深层次的共振。他的意识被拉入遗迹核心，见到了九根神针的器灵。这些器灵形似半透明的古医，手中分别握着九针虚影：“想要激活九针，需以‘仁心、慧心、勇心’为引，破解我们各自的医道谜题。”第一关，镵针器灵抛出难题：“当疫病无法治愈，医者该如何抉择？”
星舰上，众人陷入苦战。孢子汇聚成的“疫兽”，其身体结构对应人体十二经络，攻击招式暗含《难经》中的“五邪理论”。当归舰的护盾被“寒邪”冻结，大黄舰的武器