每逢望日，他必带弟子穿行于金陵街巷，在秦淮河畔的药肆前设义诊案。曾有位咳喘三年的老船工来诊，林砚之不急于开方，却先问其每日饮食、行船路线，甚至观察其咳嗽时肩颈肌肉的抽动频率。待弟子们围拢记录，他方缓缓道：\"《千金方》言"凡病皆由气血壅滞"，此人常年俯身撑篙，膀胱经气滞，又兼寒湿伤肺，当从太阳经论治，非单纯止咳平喘可愈。\"说罢取羌活、藁本入方，辅以艾灸大杼穴，月余而痊。弟子们从此懂得，问诊如断案，须察言观色，见微知着。
青衿相传：
编书采药，薪火绵延
书院后园的银杏树下，三十名弟子围坐于青石案前，正在誊抄《云台医案》。林砚之手持狼毫，亲自校改每一则医案：\"此处"脉弦细而涩"，当补注"左关尤甚，属肝血虚滞"，否则后学难解用药深意。\"他要求每则医案必录四诊细节、方药解析、愈后调护，甚至将自己多年绘制的《采药图》插入书中——某味药的生长习性、采摘时辰、炮制要点，皆以工笔细描，旁注蝇头小楷。当画到紫芝时，他忽然停笔：\"光绪五年在栖霞山采药，曾见此芝生于枯柏根畔，其盖面紫纹如太极图，此等灵物可遇不可求，然医者不可依赖珍稀药材，当善用寻常草木。\"
每年霜降后，他必率弟子入茅山采药。山道上，他指着漫山的蒲公英对新弟子说：\"此草虽贱，却能通乳消痈，《唐本草》称其"主妇人乳痈肿"，昔年在仪征遇一农妇，乳房红肿热痛，我单用此草捣敷，三日而消。\"说罢蹲下身子，教弟子辨别野生与家种的区别：\"根须密而短者为野，中空茎长者为家，药效相差三分。\"弟子们背着竹篓跟随其后，看他在悬崖边采摘石韦时，腰间系着的绳索竟已磨出毛边——那是他二十年前自制的采药绳，至今仍在用。
医道渊深：
穷经辨治，化裁入神
光绪二十三年，扬州盐商之妻患怪病，每日午后潮热如焚，子夜却冷汗不止，遍请名医无效。林砚之诊其脉，左寸细数，右关弦滑，观其舌，舌尖红而根部苔白厚。弟子们争论不休，有的说属阴虚内热，有的认为是湿热内蕴。他却一笑：\"此《伤寒论》"阳微结"证也，病在半表半里，兼夹痰饮。\"遂以小柴胡汤化裁，去人