陷害，贬官流放。
曹吉祥见石亨、徐有贞先后倒台，心中惶恐不安，担心自己也落得同样下场。于是，他铤而走险，与其养子曹钦密谋造反。天顺五年七月，曹钦率领私兵，在京城发动叛乱，火烧长安门，攻打皇宫。朱祁镇早有防备，命怀宁侯孙镗等人率军平叛。经过一番激战，曹钦兵败自杀，曹吉祥被擒，处以磔刑，这场叛乱才得以平息。
朱祁镇经历了被俘、幽禁、复位等诸多变故，晚年对朝政有了一些反思。他废除了自明太祖朱元璋以来的宫妃殉葬制度，这一举措，也算是为他的统治挽回了些许声誉。天顺八年，朱祁镇驾崩，太子朱见深即位，是为明宪宗。
明宪宗朱见深即位之初，平反了于谦冤案，恢复了于谦的官职和名誉，此举赢得了民心。他还任用李贤等贤臣，朝政稍有起色。但好景不长，宪宗渐渐沉迷于方术，宠信宦官汪直，设立西厂，让汪直统领。
这汪直，狡黠多诈，为了邀功请赏，肆意制造冤假错案，陷害忠良。西厂的权力比东厂和锦衣卫还要大，他们四处刺探情报，上至朝廷官员，下至普通百姓，都在他们的监视范围内。只要汪直看谁不顺眼，便随意抓人审讯，严刑逼供。一时间，朝野上下人人自危，百姓也人心惶惶。
大学士商辂等大臣实在看不下去，联名上书弹劾汪直，列举了西厂的种种罪行。宪宗起初还为汪直辩护，但在大臣们的强烈要求下，只好暂时关闭西厂。可没过多久，宪宗又听信汪直谗言，重新恢复西厂，汪直更加肆无忌惮。后来，汪直在与东厂太监尚铭争权中失势，被调出京城，西厂才逐渐衰落。
宪宗在位后期，朝政愈发腐败，官员贪污成风，土地兼并严重，百姓生活困苦。各地农民起义不断爆发，其中以荆襄地区的刘通、石龙起义最为浩大。刘通自称汉王，率领数万农民起义军，反抗明朝统治。明朝调集大军镇压，经过数年苦战，才将起义军镇压下去。但这场起义，也暴露了明朝统治的诸多问题。
明宪宗驾崩后，太子朱佑樘即位，是为明孝宗。孝宗自幼历经磨难，深知民间疾苦，他即位后，立志改革弊政，重振朝纲。他重用王恕、刘大夏等贤臣，整顿吏治，裁汰冗官，严惩贪污腐败。还减轻农民赋税，兴修水利，发展农业生产。在孝宗的努力下，