家是犯罪组织的核心成员，二十年前的孤儿院纵火案是为了销毁洗钱证据。秦明父亲当年正是因为接近真相，才遭遇意外死亡。而现在，这个组织正在培养新一代\"执行者\"，通过网络论坛招募信徒，用看似独立的案件编织成巨大的犯罪网络。
在追踪到犯罪组织的秘密据点时，林悦和秦明陷入重围。数百名戴着蔷薇面具的人将他们困在废弃的剧场，舞台中央的大屏幕播放着实时画面——龙番市各个重要设施都被安装了炸弹。为首的面具人摘下头套，露出与黑衣人如出一辙的面容：\"欢迎来到最终章，秦法医，林法医。\"
\"你输了。\"秦明突然按下手中的遥控器，剧场外响起密集的警笛声。原来，他们早已将计就计，通过故意暴露行踪，引蛇出洞。面具人的脸色骤变，疯狂地大笑起来：\"你们以为抓住我就结束了？在世界各地，还有无数个"暗夜蔷薇"正在苏醒！\"
案件告破后，龙番市举行了盛大的庆功会。林悦和秦明站在领奖台上，看着台下欢呼的人群，却丝毫没有放松。他们知道，这场正义与邪恶的较量永远不会真正结束。当晚，他们回到法医科，重新整理那些尘封的旧案。在秦明父亲的卷宗里，林悦发现了一张泛黄的照片，照片上年轻的秦明父亲与一个戴着蔷薇胸针的男人握手——那个男人，正是现任龙番市市长。
月光透过解剖室的窗户洒进来，照亮了两人凝重的脸庞。他们对视一眼，同时拿起了电话。新的战斗号角已经吹响，而他们，将继续在追寻真相的道路上，坚定地走下去。