星穹舟残破的舷窗外，地球的蓝色轮廓在宇宙中若隐若现。然而，当众人尚未从星陨之战的疲惫中缓过神，阿依娜的探测器突然发出尖锐警报，屏幕上跳动的红色波纹如汹涌的海浪：“全球地磁异常！所有古遗迹正在形成能量共振！”话音未落，天机阁紧急传来全息投影，画面中埃及金字塔、中国三星堆、玛雅太阳神庙等遗址同时升起紫色光柱，光柱顶端交织成巨大的蛛网，将地球笼罩其中。
“这是‘混沌共鸣阵’！”玄机子的青铜罗盘彻底碎裂，化作漂浮的星砂，“银河系中心的禁忌之渊正在通过古遗迹渗透力量，那些暗金色光芒是更古老存在的召唤！”林羽手中的轮回玉简剧烈发烫，表面符文竟与卫星拍摄的遗迹光柱图案完全重合，一股熟悉又陌生的气息从玉简深处传来——那是比混沌蛊祖、深渊之主更原始的混沌波动。
地面上，被紫色光柱笼罩的城市开始出现诡异异变。东京的高楼大厦表面生长出暗物质晶体，纽约的街道裂开深渊般的缝隙，伦敦的泰晤士河沸腾翻涌，无数形似章鱼的蛊兽从河底爬出，它们的触须缠绕着古埃及象形文字与玛雅图腾。天机阁留守弟子组成的防线在蛊兽冲击下摇摇欲坠，数位长老祭出的法器刚接触怪物，便被腐蚀成黑色废渣。
林羽等人驾驶星穹舟紧急迫降，降落在中国昆仑山脉的天机阁总部。但刚踏入山门，便见阁中珍藏的《万墟图鉴》自动翻开，书页上浮现出血色文字：“当星辰归位，渊海苏醒，唯有以众生之念，重铸太古封魔印。”阁主指着图鉴背面的残缺图画，那里描绘着十二位上古圣人将自身化作封印的场景：“传说混沌初开时，曾有超越天道的‘太初之影’，如今它要借古遗迹复苏！”
为了阻止共鸣阵完成，众人兵分三路。沈梦璃带领天机阁精锐前往埃及金字塔，镇魔剑在沙暴中划出冰蓝色光弧，试图斩断光柱。但金字塔表面的古埃及符文突然活过来，化作巨蛇缠绕剑身，蛇信喷出的毒雾竟能腐蚀修士的元神。阿依娜奔赴玛雅太阳神庙，银链缠绕巫祝圣火，与神庙中苏醒的羽蛇神蛊兽激战。这些蛊兽的鳞片由暗物质与玛雅历法组成，每次攻击都带着时空扭曲的力量。
林羽与玄机子留守天机阁，试图从古籍中寻找破解之法。当林羽将万象归墟钥按在《万墟图鉴》上