梅雨季的傍晚，朵朵在阁楼角落发现了一个布满铜绿的八音盒。盒盖上缠绕着褪色的紫藤花纹，转动发条时，发出断断续续的呜咽声，像是谁在低声啜泣。
突然，八音盒表面泛起涟漪，一个拇指大小的银发精灵跌了出来。他穿着缀满齿轮的燕尾服，背后一对透明翅膀上流转着金色纹路：“我是时光守护者钟摆，被困在这里整整八十年了！”精灵揉着摔疼的屁股，“小女孩，你能帮我找回丢失的时光齿轮吗？”
朵朵望向窗外，发现原本熙熙攘攘的街道变得寂静无声。树叶悬停在空中，雨丝凝固成晶莹的珠帘，连钟表的指针都停止了转动。钟摆解释，黑暗巫师偷走了时光齿轮，导致时间陷入停滞。如果三天内无法集齐七枚齿轮，整个世界就会永远定格。
第一枚齿轮藏在废弃的老图书馆里。推开吱呀作响的木门，朵朵被眼前的景象惊呆了：书架上的书漂浮在空中，翻开的书页上文字像萤火虫般飞舞。当她靠近镶嵌齿轮的古书时，书页突然化作黑色触手，将她紧紧缠住。
“外来者，休想夺走知识的宝藏！”低沉的声音在空旷的大厅回荡。钟摆焦急地喊道：“快说出你最喜欢的故事！”朵朵想起外婆常讲的《花仙子与彩虹桥》，颤抖着声音复述起来。神奇的是，书页渐渐松开，露出藏在夹层里的青铜齿轮，上面刻满古老的藤蔓花纹。
第二枚齿轮在游乐园的旋转木马上。停滞的木马保持着倾斜的姿态，朵朵踩着凝固的水花靠近时，突然被一团黑影笼罩。旋转木马的马头活了过来，空洞的眼眶里闪烁着幽蓝的光：“把快乐留下！”
朵朵从口袋里掏出珍藏的玻璃弹珠：“这是和好朋友交换的礼物，每次看见它我都会很开心。”马头轻轻叼起弹珠，鬃毛化作金色流光，齿轮从马腹里缓缓升起，表面雕刻着欢笑着的小人。
随着收集的齿轮增多，朵朵发现每枚齿轮都封存着一段记忆。在糖果工厂，她用最后一块草莓蛋糕唤醒了被黑暗侵蚀的糖果精灵，获得刻满甜蜜花纹的齿轮；在水族馆，她帮助搁浅的小海豚重回大海，从珊瑚丛中找到镶嵌珍珠的齿轮。
然而，当寻找最后一枚齿轮时，他们在森林深处遭遇了黑暗巫师。巫师披着用阴影编织的斗篷，指尖跳动着紫色火焰：“你们以为