朝鲜王室已经迁居开京（松京）数年，但宗庙仍在汉城。永乐二年（1404年）七月，李芳远以“天变地怪，屡彰警告”为由，指示群臣讨论是否还都汉城或将宗庙迁到开京。群臣多数倾向于后者，但李芳远不满意这一结果，命令维持现状。九月初一日，太上王李成桂传旨要求还都汉城，李芳远以此为依据，决定第二年还都。同时，他还以郑道传所建的景福宫风水不佳、是“山囚水渴、虏王灭族”的凶地为由，下令在汉城修建一座新的离宫，即昌德宫，供自己还都后常住。
永乐三年（1405年）十月十一日，李芳远带领王室成员回到汉城，二十日住进了刚刚建成的离宫昌德宫。昌德宫的建成不仅解决了李芳远的居住问题，也象征着朝鲜王室的重新扎根汉城。此后，李芳远再也没有迁都，除了朝鲜宣祖、仁祖时期因战乱而短暂逃离外，昌德宫一直作为朝鲜王室的主要宫殿。
六、禅位去世
李芳远有四位嫡子，分别是长子世子李褆、次子孝宁大君李补、三子忠宁大君即世宗李裪、四子诚宁大君李褈。世宗李裪并不是继承王位的第一继承人，而是当时的世子李褆。李褆曾前往明朝觐见过成祖朱棣，并成功完成了一次访问，这使他在朝野内外享有较高的声誉。然而，永乐十六年（1418年）六月，李芳远以“不好学问，沉于声色”“私通群小，恣行非义”“罔有悛心，反怀怨怒，愤然上书，辞甚悖慢，全无臣子之义”等理由，废掉了世子李褆，改立“英明恭俭，孝友温仁，好学不倦”的忠宁大君李裪为世子。
这一决定引起了朝野的震动，但也显示了李芳远对国家未来的深思熟虑。两个月后的八月八日，五十二岁的李芳远禅位于李裪。禅位仪式庄严肃穆，李芳远在众臣的见证下，将王位正式传给了李裪。十一月，李裪为李芳远上尊号“圣德神功大王”，以表彰他在位期间的卓越贡献。
禅位前后，李芳远不断肃清外戚，巩固自己的权力基础。他在禅位前陆续赐死自己的四个妻舅闵无咎、闵无疾、闵无悔、闵无恤，这些举措不仅消除了潜在的威胁，也展示了他坚决维护王权的决心。禅位后，李芳远又赐死亲家沈温，进一步巩固了新王的统治地位。这些残酷的手段虽然令人唏嘘，但也显示了李芳远的政治手腕和决断力。