心力，既要满足皇上的山水之欲，又要精心周旋，使民间少有抱怨之声，因此深合“圣意”，连乾隆帝也不由得赞赏其才识。
乾隆二十一年（1756年）冬，尹继善赴京，乾隆帝特令学士傅恒带他游览香山、昆明等胜地。事后，尹继善又到傅恒府第拜访，进一步加深了与最高决策机构的关系。乾隆二十六年（1761年）四月，尹继善的女儿嫁给皇八子永璇为妃，乾隆帝令尹继善“先期来京料理”。这位女儿是尹继善侧室张氏所出，张氏因此得诰封一品夫人。尹继善因与皇室建立姻亲关系，欣喜不已，“逢人必夸”，尤其是侧室受封，使他想起了自己的生母，更感感激，称“为千古未有之荣”。乾隆帝对此也表示：“朕实不知先帝有此事，乃竟暗合，岂非卿家运耶？”
乾隆二十五年（1760年）、二十六年（1761年）以后，尹继善所受斥罚明显减少。乾隆二十七年（1762年）南巡时，乾隆帝还赐诗赞其“保障资三省，忠勤着两朝”。乾隆三十年（1765年），尹继善终于结束了长达数十年的封疆生涯，赴京任文华殿大学士，兼管兵部，又兼上书房总师傅，地位显赫，有“荣华冠九卿”之说。
与节制数省的总督相比，入阁后的尹继善主要遵旨寄发上谕，审理要案，议复事件，权力似乎相对小了一些，加之年事已高，也不可能有大的建树。然而，遇重要事务，他仍能直陈己见。乾隆三十二年（1767年），乾隆帝令傅恒经略云南军务，尹继善曾予谏阻，认为傅恒虽德高望重，但缺乏军事经验，且以首辅之尊从戎边徼，恐有损国体。他再三劝谏，甚至涕流满面，但乾隆帝未能采纳。不出所料，两年后，傅恒出师失利，自己也染瘴而殁。
尹继善晚年虽位极人臣，但已老态龙钟，“精神疲倦，行走亦颇迟钝”。每当回忆故旧，便感伤不已。乾隆三十六年（1771年）春，尹继善染病。同年二月，东阁大学士陈宏谋因老病，“精神恍惚”，解任回籍。陈宏谋为尹继善同年好友，两人政风不同，但相知甚深。离京前，陈宏谋至尹继善府第辞行，时继善卧病在床，两人在床前执手诀别，悲不自胜。继善赠诗道：“我老颓唐难出饯，将诗和泪送行人。”
乾隆帝在东巡期间闻知尹继善病重，知其平素“最不信医药”，甚