实权逐渐落入魏忠贤等宦官手中。尽管叶向高无法像侍奉神宗时那般直言进谏，但他依然在力所能及的范围内，多次尝试纠正政局中的不公，展现了一位资深政治家的智慧与勇气。
面对太监对敢于直言的官员的打压，如章允儒请求减少上供袍服而触怒太监，叶向高两次上疏营救，最终使章允儒免受廷杖，仅被剥夺一年俸禄。御史帅众因指责宫廷事务而遭太监陷害，叶向高同样出手相助，使其免于被外放。傅魁因救援王纪而面临贬谪，叶向高介入，使他仅被剥夺俸禄。这些例子展示了叶向高在保护正直官员方面的不懈努力。
在魏忠贤试图惩罚文选郎时，叶向高再次挺身而出，成功阻止了对官员的不当处罚。陈良训指责宦官权势，触怒魏忠贤，面临下狱之灾，叶向高以辞职相威胁，最终使陈良训仅被剥夺俸禄。在熊廷弼、王化贞被判死刑的案件中，叶向高请求待司法复核后再做决定，得到了熹宗的同意，这体现了他坚守法律程序的精神。
然而，叶向高与魏忠贤之间的较量并非总能取得胜利。当魏忠贤欲搜刮全国仓储以充实京师，叶向高警告此举可能导致地方不稳定，但未被采纳。魏忠贤通过制造一些小麻烦来刁难叶向高，迫使他多次提出辞职。
关键的转折点发生在天启四年（1624年），傅魁弹劾左光斗、魏大中勾结汪文言，魏忠贤借此机会试图罗织东林党人的罪名。叶向高挺身而出，承认汪文言是他推荐的，请求皇帝只处罚自己一人，以保护他人免遭无妄之灾。尽管魏忠贤起初欲借机清除东林党人，但碍于叶向高等旧臣的威望，最终只处罚了汪文言一人，暂时未对左光斗等人定罪。然而，此事却成为东林党狱的导火索，预示着更大规模的政治清洗即将来临。
九、再度辞归
天启四年（1624年）六月，杨涟的一纸弹劾魏忠贤二十四大罪的奏疏震动朝野，叶向高深知这标志着与魏忠贤的决裂已成为不可逆转之势。面对朝中大臣纷纷上疏声讨魏忠贤的局面，有人劝说叶向高应借此机会彻底扳倒魏忠贤，但叶向高却有着更为深远的考量。他认为魏忠贤权势根基深厚，轻易除之恐将引发更大的政治动荡，于是采取了一种折衷的策略，希望通过内阁的调停避免最坏的结果。
叶向高上疏皇帝，对