兵部左右侍郎分管陆海军军政，自此逐渐确立。
京营护军使、添注兵部右侍郎李邦华，这次得到留任，加从二品枢密同佥衔。
他在整顿京营上做得不错，裁汰了很多老弱，节省一些军饷。虽然被勋贵多有诋毁，却仍被朱由检升官。
他也是朝中少有的，在兵部任职的东林党官员。
署理太仆寺卿、添注兵部右侍郎陈奇瑜，这次被转为实任，加正三品枢密都承旨衔。
在经过近一年的磨合后，太仆寺仍旧被留在政务院，主官加兵部和枢密院职衔，以便配合军事。
还有监军总署署长、添注兵部右侍郎、右副都御史赵绂，这次被去掉兵部右侍郎，改为加从二品枢密同佥衔。
佥都御史刘可训，被任命执掌军事法庭，加正四品枢密承旨衔。
这两个机构由枢密院和都察院共管，主官兼任两院职衔。
枢密院的掌院，仍旧是枢密同知袁可立。他还兼任着参谋部长一职，这次也卸下了——
回到朝廷两年多，袁可立明显苍老了许多，朱由检担心累死这个老臣，把他的很多兼职都卸下了。
甚至还安排张景岳等御医体检，多次赐下人参、海参等补药。
接任参谋部长一职的，是原本的副部长杨嗣昌。
他制定的“四正六隅、十面张网”策略今年被实施，而且起到了成效。这次由副部长转为部长，被加了正三品枢密都承旨衔，允许参加枢密大臣会议。
后勤部长闵梦得，原本是兵部左侍郎，这次加正二品枢密佥事衔，是枢密院级别最高的大臣之一。
装备部长毕懋康，因为研制武器等功绩，被加衔从二品枢密同佥，同样是枢密大臣之一。
边防部长秦士文，被转任兵部左侍郎。他空出来的边防部长一职，被枢密院和兵部官员推举刘遵宪担任。
此人是万历三十二年进士，曾任大同巡抚、兵部尚书管左侍郎事，在天启年间因为阉党势大隐退。
他见朝政清明、皇帝有意用心边事，便主动来到京城谋求起复，为后代挣个爵位。
朱由检虽然没发现他有什么大才，但在交流之后，知道他是用心做事的，对工事也颇为精通，适合当