弹劾他的错处，革职削籍为民。
接替他担任鸿胪寺左少卿的，是万历四十四年榜眼贺逢圣——
在经过最初的适应后，内阁、礼部、翰林院这一系的官员，已经全面发力，把太常寺、宗正寺、光禄寺、鸿胪寺这四个衙门当成翰林官员的迁转机构，抢占这四个衙门的官位。
还有太学祭酒一职，以前同样是翰林官迁转之阶。在现任祭酒、万历三十八年榜眼马之骐病故后，礼部官员打算推举万历四十四年探花、太学司业林焊接任。
但是朱由检却对太学有新的想法，安排佥都御史刘宗周转任太学祭酒，加衔正三品承政使、添注礼部右侍郎。
给林焊加了从四品参议衔，继续担任司业。
这样一番调整，礼部系官员可谓大换血。
储相人员也在确定，新一代已经开始培养出来。
礼部之后是兵部，执掌枢密院的兵部尚书袁可立，力辞兵部尚书兼职。
朱由检从其所请，安排刑部尚书薛凤翔，转任兵部尚书。
这个人的能力或许不足，但是如今的兵部尚书，也不需要多强的能力。只需要帮朱由检掌控兵部，控制武官升降。
如此一来，薛凤翔就很适合了。这个人也是铁杆帝党，朱由检需要酬劳他的功绩。
长城督师朱燮元，仍旧允许回部管事，和薛凤翔一起担任兵部尚书，弥补他的缺陷。
兵部左侍郎一职，原本是闵梦得担任。如今闵梦得是后勤部长，自然不能兼任这个职务了。
一些东林党官员打算推举南京工部尚书张凤翔担任，但是朱由检在兵部事务上，是不怎么愿意使用东林党官员的。
他在这个位置上，安排边防部长秦士文转任，酬劳这个勤勤恳恳的官员。
兵部右侍郎一职，朱由检原本打算安排张鼐担任，但是张鼐却身体抱病，无奈转为资政大臣。
周永春就更不可能了，他的齐党身份，根本在朝堂上混不开。被朱由检放在理藩院，负责外藩部事务。
最终这个兵部右侍郎一职，被群臣廷推熊明遇担任。此人曾任提督操江，因为亲近东林党人被阉党列入东林党，这次被起复为兵部右侍郎，分管海军军政。