在户部官吏稍微松口气时，朱由检又下了旨意，要求户部把军饷发放、军事物资采购等职责，全部移交给枢密院后勤部。
户部只负责给后勤部拨款，如何向士兵发放军饷，如何把物资送到前线，以后由后勤部负责。
军饷的拨付也必须通过顺天银行，都要全额拨付。
这个命令，让户部官吏如丧考妣。因为按照惯例，各地兵马在向户部讨饷时，会多报些名额，以求多发放粮饷。在兵部让他们要求作战时，则经常说兵力不足，请求多调兵力。
这个弊端朝廷上下几乎都知道，但是户部却对此故作不知，只是按照上报的名册发饷，自己也从中分润。
通常来说，地方要求的粮饷，能到手六七成就不错了，其它的都被中间环节分走。
军饷作为朝廷最大的支出，每年多达一千多万两。户部虽然不是都经手，从中分润的却着实不是小数。
如今，皇帝把发放军饷的权力转给了枢密院后勤部，户部能够做的，就是给后勤部拨款。而且还要从顺天银行账上走，彻底失去了分润的机会。
这让户部的官吏，如何不痛彻心扉？
但是这还没完，朱由检在催促户部官吏申报财产后，又让廉政委员会授权反贪署，对户部所有申报财产的官吏进行审核。
凡是申报的财产数量和实际财产不合的，一律羁押审问。
身家特别豪富、和应该得到的收入不合的，也同样遭到羁押。
一时间，户部、太府寺、司农寺的官员，可谓为之一空。之前的一百多名官员，只留下了不到五十人。吏员更几乎都受到波及，没有多少能留下来。
可以说，整个户部都被清理了一遍。二百多年的积弊，被彻底一扫而空。
而后朱由检从京城的学生中招募吏员，并且从明算科进士和副榜中选择表现良好的，挑选入户部任职——
可以说，正是这些人才，给了他清理户部的底气。
用这些刚踏入官场的新人，重新塑造户部。
户部尚书毕自严，对此几乎是麻木了。
他是万万没有想到，自己感觉运转良好的户部，在皇帝眼中有这么多弊端。
这让他不得不请辞，承