设立卫生队的目的，其中一个是防疫。
在朱由检的记忆中，明末不但天灾频繁，而且疫病频发。甚至还出了个吴又可，写出一本《瘟疫论》。
这种严峻的形势，要求朱由检必须注重防疫工作。把卫生防疫的事情放在一起，设立了这个卫生队。
同时，为了保证卫生防疫政策的执行，朱由检把卫生队放在卫尉署，让它有向巡警队求助、强制执行的权力。
就这朱由检还觉得不够，又给太医院下了一道命令，让他们摸索卫生防疫工作，给卫生队提供协助。
因为太医院和锦衣卫已经划入内廷，朱由检能够直接下令。他对当前的局面，可谓比较满意。认为卫生队在太医院协助下，能够更好地发挥作用。
不仅是他满意，在京城卫生大整顿后，许多臣子看皇帝的眼光也变了。认为皇帝调整机构，不是在胡改乱来。
干净整洁的北京城，让官员很是满意。他们对卫尉寺这个机构，开始产生了认同。认为卫生队的存在，确实很有必要。
就连袁可立，在观察卫尉署做的事情后，心中认同的同时，开始产生了危机感，认为政务署和廷尉署必须要尽快建好，不能被卫尉署比下去。
尤其是看到卫尉署巡警在各坊建立的派出机构后，他更是认识到：
如果政务署和廷尉署迟迟不能建好，这两个衙门的职权，就会被卫尉署夺去。