劳升任总兵官，收拾祖家的难度，就会完全不同。
不过朱由检登极后，因为对祖大寿一直怀着疑虑，祖大寿晋升总兵的命令，自然被他被压下。
作为副总兵的祖大寿，可以被孙承宗直接拿下。然后以祖大寿为突破口，从容收拾祖家。
在拿下祖大寿后，孙承宗明显察觉到，辽东本土将士有些军心浮动。所以他很快把自己带来的欠饷，向将士发放下去。
这个行为，很快收伏了他们的心。祖大寿被捕的风波，慢慢平息下来。
至此，孙承宗终于松了一口气，又让张道浚施展手段，逼迫祖大寿同意迁移的事情。向他许诺只要答应迁徙，通虏的事情就不会被追究，会交给朝廷处置。
此时，祖大寿已经回过味来，知道自己是撞在了朝廷整顿辽东将门的枪口上，所以才被追究通虏之事。其中目的，无外乎是逼祖家迁居关内，不再留在宁远。
如此一来，祖家在宁远的影响力，自然会慢慢消退。他这个副总兵以后即使留在辽东，也只是普通的副总兵。不会像以前那样，隐隐是辽东将门第一人。
这让他的心中，自然非常不甘。知道祖家迁移后就是失去根基，丧失如今地位。
但是通虏的罪名压下来，他又能怎么办？
如果朝廷追着这件事不放，他本人可能被问罪不说，整个祖家都有可能受牵连。
所以思来想去，祖大寿同意了迁移之事，告诫探监的祖家族人，配合朝廷命令。
祖家屈服之后，依附他们的吴家等家族，同样开始屈服。迁移辽东将门之事，自此再无阻力。
对于辽东军中的议和派，孙承宗也按皇帝的要求，对他们加以打击。在军中宣扬“驱除鞑虏，恢复辽土”等口号，从思想上根除议和派。
不过因为议和的事情，主导者是袁崇焕。如今袁崇焕不在，这些人无法定罪。再加上孙承宗不想把事情做绝，所以他把沈棨等人和祖大寿一样，交给朝廷处置。
十二月二十五日，这些消息便被送到京城，朱由检终于知道了辽东发生的事情。
收到孙承宗和锦衣卫的奏报，朱由检十分喜悦。祖大寿被轻易拿下，祖家也按朝廷要求迁移关内，说明辽东的局势和他预想