十一月十八日，武英殿。
朱由检召开处理兵部事务的常参会议，命令孙承宗、毛文龙参加，商议辽南和朝鲜等事。
首先嘉奖了两人以前的功绩，勉励他们用心做事，朱由检向孙承宗道：
“刘诏的事情孙卿知道吗？”
“为何有些人弹劾刘诏、阎鸣泰、马世龙沆瀣一气，说孙卿信任阎鸣泰，逐王在晋而用之？”
这个指责很重，因为刘诏已经被定为首逆同谋。他在先帝弥留之际领兵三千趋近京城，这件事太过恶劣。
凡是知道这件事的臣子，都清楚这里面的厉害。一个不好大明就会多出一支受宦官掌控的神策军，甚至在京城出现一个董卓。
有些人把刘诏和孙承宗联系起来，孙承宗若不解释好，后果可想而知。
孙承宗入京之后，对有些人弹劾自己也有所耳闻。听到皇帝责问，急忙解释道：
“臣抵关回奏，先帝以八里不宜再城，改王在晋为南京兵部尚书。”
“吏部等衙门会推辽东经略，已题推阎鸣泰、李三才、王之寀、王之臣四臣。”
“臣以为辽东经略遽难得人，自请身任，赴山海督师。”
“朝廷升阎鸣泰为辽东巡抚，岂是臣逐王在晋而用阎鸣泰？”
“刘诏乃朝廷下旨，说他夙负边才。其谋逆之事，臣实不知。”
没有对孙承宗的解释轻轻放过，朱由检又问道：
“马世龙是怎么回事？”
“他和刘诏、阎鸣泰两人，到底是什么关系？”
孙承宗道：
“马世龙柳河之失，臣即劾奏，何敢一毫偏私？”
“他和刘诏、阎鸣泰的关系，臣实没有耳闻。”
朱由检紧盯着孙承宗，继续逼问道：
“有人说柳河之败后，止存兵五万八千。”
“朝廷可是一直按十四万兵马，给辽东发放饷银。”
“所以辽东兵马，到底还有多少？”
这个问题更是严重，孙承宗道：
“臣在辽东之时，原额官兵一十三万四千四百三十三员名，汰过一万七千三百四十七员名，留下官兵一十一万七千八十六员名。”