导、尚书令卞壸、车骑将军郗鉴、护军将军庾亮、领军将军陆晔、丹杨尹温峤，一起接受遗诏，辅助皇太子司马衍。闰八月二十五日（10月18日），司马绍病逝于东堂，享年二十七岁。闰八月二十六日（10月19日），皇太子司马衍即皇帝位21
，是为晋成帝，为父亲司马绍上谥号为明皇帝，庙号肃祖（《资治通鉴》作肃宗22
）。九月十一日，司马衍将司马绍按葬于武平陵。
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为政举措
司马绍聪明敏捷，能随机断事，尤其明白事理。在位期间，兵乱连年，饥荒不断。死于饥荒战乱瘟疫者，超过人口之半，国家空虚社会凋敝十分严重，国事极端艰难。又值王敦挟兵威而震慑人主，将欲窃夺神器。司马绍虚与周旋，养成其恶，以弱制强，潜心谋划，当机独断，肃清大凶。又调整荆、湘等四州将领，以分散长江上游地方势力，拨乱反正，加强根本而削弱枝叶，虽在位时间短暂，但对安定国家大局的影响深远。25
东晋自建国以来，北方侨姓士族与南方吴姓士族之间的矛盾一直很尖锐，吴姓士族往往受到排挤与压制。明帝为了稳定东晋政权，临终前一个月，还下诏说：“吴时将相名贤之胄，有能纂修家训，又忠孝仁义，静己守真，不闻于时者，州郡中正亟以名闻，勿有所遗。”力图调解这个矛盾，以期打破宗族界限，为国家选拔人才。在临终遗言中，他要诸臣为自己治丧时“务从简约”，不得奢侈。26
历史评价
曹毗《晋江左宗庙歌》之六：“明明肃祖，阐弘帝胙。英风夙发，清晖载路。奸逆纵忒，罔式皇度。躬振朱旗，遂豁天步。宏猷渊塞，高罗云布。品物咸宁，洪基永固。”27
南朝齐·谢赫《古画品录》：“虽略于形色，颇得神气。笔迹超越，亦有奇观。”
唐·房玄龄等《晋书》：“帝聪明有机断，尤精物理。于时兵凶岁饥，死疫过半，虚弊既甚，事极艰虞。属王敦挟震主之威，将移神器。帝骑驱遵养，以弱制强，潜谋独断，廓清大昆。改授荆、湘等四州，以分上流之势，拨乱反正，强本弱枝。虽享国日浅，而规模弘远矣。”28
清·王夫之《读通鉴论》：“明帝不夭，中原其复矣乎！天假五胡以乱中