时的名臣，从王导、庾亮到温峤、桓彝、阮放等，都被亲近看重。曾经与大臣们辩论圣人真假之意，王导等人的意见不能使司马绍屈从。又好习武艺，善于安抚将士。当时江东人才济济，远近都归心于司马绍。
王敦之乱时，王室六军溃败。司马绍欲率将士与叛军决战，登上车子将要出发。太子中庶子温峤坚决谏阻，抽剑斩断马套绳，这才作罢。
王敦平素认为司马绍神武有明略，为朝野人氏所钦佩信赖，打算用不孝的罪名废黜他。于是大会百官，当众问温峤：“皇太子有什么功德值得称道？”声色俱厉，一定要使温峤说出废太子的话。温峤回答说：“探讨高深的治国之道，使国家长治久安，这不是见识短浅的人所能认识的。从礼的角度看，这就是孝。”大臣们都认为温峤的意见是正确的，王敦的阴谋遂被阻止。12
登基
永昌元年（322年）闰十一月初十日，司马睿去世13
，闰十一月十一日，皇太子司马绍即皇帝位，大赦天下，是为晋明帝，尊生母荀氏为建安郡君。14
太宁元年（323年）二月，司马绍将父亲晋元帝安葬在建平陵。15
六月初六日，司马绍立妃庾文君为皇后。16
王敦虽于永昌元年（322年）就回到武昌遥控朝廷，但因为图谋篡位，于太宁元年（323年）暗示要朝廷征召自己入朝，司马绍于是以手诏征召王敦。同年，武卫将军王允之乘酒宴而知道王敦的图谋，于是回京告诉其父荆州刺史王舒。于是，王舒与王导一同报告晋明帝，得以早作防备。17
及后，司马绍积极准备京师建康的防护18
，最终于当年七月成功击败王敦派出、王含统帅的进攻建康的军队，平定了王敦之乱。王敦之乱平定后，司马绍下令不再问罪于王敦一众官属，又分别以应詹为江州刺史、刘遐为徐州刺史、陶侃为荆州刺史、王舒为湘州刺史，重整各州形势，消除王敦以琅琊王氏宗族占据诸州以凌弱皇室的失衡情形。19
去世
太宁三年（325年）三月初二日，司马绍立长子司马衍为皇太子。20
闰八月十九日（10月12日），司马绍健康状况不佳，召太宰、西阳王司马羕、司徒王