二十八日，辽王打败了燕帖木儿留在通州驻防的军队，占领通州。燕帖木儿与其子唐其势从古北口率师南救，在十月一日击败辽王军一就是他那个找伯颜挑事儿、说天下是自家的儿子。
五日，秃阳翟王太平、太师国王朵罗台率领军队赶来，于是和辽军合流，再次攻打燕帖木几。双方激战到晚上，唐其势亲自陷阵，阵斩太平。其他人趁夜逃走。
十月七日，上都诸王忽刺台等攻破紫荆关，攻克涿州，从南部威胁大都。燕帖木儿赶往救援，大败上都军于卢沟桥，忽刺台逃走，不久被抓获。
十一日，东路蒙古军再次攻破古北口。燕帖木儿北上救援，在密云一带击败敌人。国王朵罗台等人被斩杀。
就这样，上都方面的各支军队，被燕帖木儿消灭殆尽。十三日，燕帖木儿率军奔赴上都，倒刺沙等人被迫奉皇帝玉玺出降，天顺帝失踪一按元朝一贯规律，生死不明，应该就是死在乱军里了。
两都之战，持续时间不是很长，但影响非常大。
晋王一系一度非常强势，在漠北影响很大。一直到北元时期，「晋王」都是个非常重量级的头衔。后来北元的「济农」头衔，就是晋王的音变。但这一战之后，大家发现，漠北军的所谓「兵强马壮」，完全是虚的。整个形势发展，比当时忽必烈击败阿里不哥，都更有戏剧性。
战后，晋王和其他辽东、漠南诸王遭到了大规模清洗。按元朝史料，「晋邸及辽王所辖路、府、州、县达鲁花赤，并罢免禁，选流官代之」。蒙古宗王的势力遭到了严重打击。
但这一带被流官管理之后，反而给元末积攒了力量。虽然把一大群来源非常————「多元化」的族群的官员，都给开除了元籍，但从未来的结果看，其实这些流官，不管对大元的忠诚度还是战斗力，都比蒙古贵族之流要强多了————
另一方面，就是回回人也遭到了沉重的打击。上都方面有大量高官都是回回人，在大都的政变中被燕帖木儿等人擒杀的诸多晋王系官员也是如此。很多人从忽必烈时代就开始服务于汗廷，结果因为站队失败，被连根拔起。
虽然钦察人也是色目人，但燕帖木儿也没有把这些同样西来的人当老乡看待，反而下手颇狠。这一次之后，回回高官在元朝急剧减少。
另外，作为色目人中的一大支系，回回人原本也有法律、经济等特权。元朝设有「回回掌教哈的所」，任命回回人掌教